Među počiniocima zločina u Kotor-Varoši bili su pripadnici vojske, policije i paravojne formacije.
Vojska bosanskih Srba napala je grad Kotor-Varoš 11. i 12. juna 1992. i natjerala mnoge Bošnjake i Hrvate na bijeg u šumu, a napadanuto je i selo Vrbanjci. (para. 622. Brđanin, str. 216.), (para. 459. Krajišnik, str. 173.), (para. 376, 378. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 121. ), (para. 921. Mladić, tom I, str. 471.)
Teškom artiljerijom i vazdušnim napadom atakovano je na selo Večići, dok su napadnuti i zapaljeni Hanifići, Plitska i Kotor. (para. 623. Brđanin, str. 216.), (para. 377, 381. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 121, 122.), (para. 927-928. Mladić, tom I, str. 474.)
Tokom napada, kuće u Hrvaćanima su granatirane ili paljene, a napadnuto je i selo Vatraće. (para. 622. Brđanin, str. 216.), (para. 927. Mladić, tom I, str. 474.), (para. 460. Krajišnik, str. 173.)
Oko 13. juna 1992. srpske vojne snage napale su i granatirale selo Hrvaćani, u kojem su živjeli Bošnjaci, i ubili pet starijih mještana. (para. 901. Mladić, tom I, str. 462.), (para. 377. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 121.)
Pripadnici srpske vojske i policije su 25. juna 1992. postrojili grupu ljudi ispred bolnice u Kotor-Varoši, gdje je došlo do ubistva. (para. 428. Brđanin, str. 162.), (para. 459. Krajišnik, str. 173.), (para. 459-464. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 147–148. )
U naselju Kotor su 25. juna pripadnici paravojne srpske jedinice odveli grupu Bošnjaka izvan grada, tukli ih puškama, vrijeđali i opljačkali, nakon čega su ubili njih šestoricu. (para. 459. Krajišnik, str. 173.), (para. 457-458. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 147.)
Zaključeno je da je na putu iz Kotora prema Domu zdravlja i ispred Doma zdravlja u Kotor-Varoši ubijeno 26 muškaraca Bošnjaka. (para. 457. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 147.)
Najmanje tri muškarca, Bošnjaka iz Dabovaca, ubijena su nakon što su pripadnici vojske bosanskih Srba uništili njihovo selo sredinom augusta 1992. (para. 429. Brđanin, str. 162–163.), (para. 380. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 121–122.)
U istom peridou je ubijeno najmanje osam civila Bošnjaka u selu Hanifići koje su srpske snage okupile i usmrtile iz vatrenog oružja u mjesnoj džamiji, koja je kasnije zapaljena. (para. 430. Brđanin, str. 163.), (para. 381. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 122.)
Sredinom augusta 1992. snage bosanskih Srba zapalile su selo Čirkići u kojem su živjeli Bošnjaci. Pritom je poginulo šest žena i jedan muškarac. (para. 431. Brđanin, str. 163.)
2. jula 1992. vojne i policijske snage ubili su najmanje 30 Bošnjaka, uključujući 15 koji su bili zatočeni u kafani “Alagić”, tokom napada na Vrbanjce u znak odmazde za zasjedu koju su naoružani Bošnjaci postavili snagama VRS-a.* (para. 902. Mladić, tom I, str. 462.)
*Vojska Republike Srpske
Grupa od 200 muškaraca, žena i djece Bošnjaka, u novembru 1992. bježala je od neprijateljstava na području Kotor-Varoši te su odlučili pješice otići iz Večića u Travnik, ali su se predali kada su upali u zasjedu srpske vojske, te su odvedeni u školu u Grabovici i tamo zatočeni u učionice. (para. 432. Brđanin, str. 163.), (para. 465. Krajišnik, str. 175.), (para. 916. Mladić, tom I, str. 469.)
Žene i djeca su kasnije odvojeni i ukrcani u autobuse, dok su 4. novembra 1992. muškarci koji su bili zarobljeni i zatočeni u školi u Grabovici, njih oko 150, ubijeni. (para. 433. Brđanin, str. 163–164.), (para. 465. Krajišnik, str. 175–176.), (para. 892. Mladić, tom I, str. 459.)
Od tih 150 muškaraca, njih približno 120 do 130, koji su kasnije nađeni u civilnoj odjeći, bili su natjerani da se popnu u kamione i ubijeni su na jednoj poljani u Dubokoj i u Maljavi, a približno 25 ih je ubijeno u sportskoj dvorani škole. (para. 892. Mladić, tom I, str. 459.)
Žene i djecu zatočene u školi u Grabovici na odlasku su mještani verbalno zlostavljali, primorali su ih da prođu kroz špalir u kojem su stajali civili koji su ih tukli. (para. 819. Brđanin, str. 266.)
Srpske vlasti su u Kotor-Varoši civile, pretežno hrvatske i bošnjačke nacionalnosti, držale zatočene u najmanje 14 zatočeničkih centara.
*zgrada policije, zatvor, pilana, osnovna škola u Kotor-Varoši, srednja škola, škola u Grabovici, Alagićev ili Đevdin kafiću u Vrbanjcima, fabrika “Jelšingrad”, škola u Maslovarama, stari sud, Šiprage, Kozara, Dom zdravlja i benzinska pumpa u Vrbanjcima. (para. 461-464. Krajišnik, str. 174-175.)
Uhapšeni u Kotor-Varoši su u junu i julu 1992. dovođeni u policijsku stanicu, gdje su ih tukli, primoravali da trče kroz špalir pri dolasku i udarali palicama za bejzbol, pendrecima, kundacima, šakama i nogama. (para. 822-823. Brđanin, str. 267.), (para. 400-401. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 128–129.)
U zgradi policije zatočenici su tjerani da spolno opće, a neke od njih su policajci seksualno zlostavljali. (para. 824. Brđanin, str. 267.), (para. 461. Krajišnik, str. 174.), (para. 404. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 129–130.)
Bošnjaci i Hrvati su držani u zatočenju od kraja juna 1992. i u zatvoru u Kotor-Varoši, gdje su ih redovno tukli. Među zatočenima je bilo i žena, koje su držali odvojeno. U tri prostorije bilo je zatvoreno približno 145 muškaraca. (para. 826. Brđanin, str. 267.), (para. 462. Krajišnik, str. 174.), (para. 409-413, 474. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 131-132, 150-151.)
Najmanje pet osoba je ubijeno ili su preminule od premlaćivanja u zatvoru u Kotor-Varoši (para. 467-468. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 149–150.), (para. 831. Brđanin, str. 268.)
Period zatočenja u zatvoru u Kotor-Varoši varirao je od oko sedam dana do 12 mjeseci, nakon čega su neki od njih premješteni na Manjaču. (para. 924. Brđanin, str. 291.)
U pilani je bilo zatočeno približno 1.000 civila, više od tri stotine Bošnjaka i Hrvata – žena, djece i starijih osoba. (para. 463. Krajišnik, str. 174.), (para. 428, 476. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 137, 151-152.)
Zatočene žene noću su izvodili srpski vojnici u maskirnim uniformama, od kojih su neki bili iz Banja Luke, a neki iz Kotor-Varoši, koji su silovali mnoge žene i djevojčice od 13 ili više godina. (para. 835. Brđanin, str. 269.), (para. 428, 476. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 138, 151-152.)
Više muškaraca, žena i djece bošnjačke nacionalnosti je u julu ili augustu 1992. bilo zatočeno u školi u Grabovici, gdje su premlaćivani i zlostavljani sjekirama, štapovima i vilama. (para. 462. Krajišnik, str. 174.)
Od 8. jula do kraja septembra 1992. srpski vojnici i snage specijalne policije tukli su i mučili neke od preko 100 Bošnjaka i Hrvata zatočenih u osnovnoj školi u Kotor-Varoši, među kojima je bilo i dječaka. (para. 462. Krajišnik, str. 174.)
Pripadnici vojske u junu ili julu 1992. su iz Lihovića protjerali muškarce, žene i djecu u Čejavane, a potom su žene i djecu odvojili od muškaraca, te doveli žene i djecu iz sela Šipure i Medare da im se pridruže, nakon čega su prevezeni u pilanu u Kotor-Varoši, gdje im se pridružila treća grupa žena i djece iz sela Hanifići i Čirkino Brdo i svima je bilo naređeno da se ukrcaju u autobuse za Travnik. (para. 564. Brđanin, str. 201.), (para. 427. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 137. )
Za Travnik je otišlo još nekoliko konvoja od augusta do oktobra 1992., među kojima su bili oni iz Kotor-Varoši, Grabovice, Vrbanjaca, Večića i okolnih sela. (para. 565. Brđanin, str. 201–202.), (para. 394. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 127.), (para. 960. Mladić, tom I, str. 488.)
Na putu za Travnik, u Skender-Vakufu, u autobus u kojem su se vozili, ušli su pripadnici paravojnih formacija i oduzeli zatočenicima preostali novac i nakit. (para. 463. Krajišnik, str. 174.)
Najmanje 14 vjerskih objekata i spomenika uništeno je tokom 1992. u Kotor-Varoši. (para. 467. Krajišnik, str. 177.), (para. 388. Stanišić i Župljanin, tom I, str. 125.), (para. 922. Mladić, tom I, str. 471–472.)