Kao počinioci zločina na području Travnika su, pored snaga Armije BiH, označeni mudžahedini*, koji su se tokom rata borili na strani Armije BiH.
*Konstatovano je da su mudžahedini od kraja 1992. do osnivanja odreda “El-Mudžahidin” u augustu 1993., redovno učestvovali u borbama koje je vodio Treći korpus Armije BiH u čijoj zoni odgovornosti je 1993. bio Travnik. (str. 246. Hadžihasanović i Kubura)
Konstatovano je da su četiri zarobljenika pogubljena u selu Miletići 24. aprila 1993. i da su ubistvo izvršili strani i domaći mudžahedini*, stacionirani u Poljanicama, te da je došlo do pljačkanja imovine Hrvata. (str. 600. Hadžihasanović i Kubura)
*Nije dokazano van razumne sumnje da su strani muslimanski borci, smješteni u bazi u Poljanicama, postali de jure pripadnici Armije BiH prije osnivanja odreda “El-Mudžahidin” (str. 153. Hadžihasanović i Kubura)
Tokom ranih jutarnjih sati 8. juna 1993. došlo je do razmjene vatre između HVO-a i Armije BiH, čije su snage ušle su u Maline tek kad je HVO prestao pružati otpor. Dio pripadnika Armije BiH je 200 stanovnika odveo prema Mehurićima, dok je preostali dio ostao u Malinama kako bi zaštitio imovinu stanovnika. Kolonu seljana pod pratnjom Vojne policije je, nedaleko od Poljanica, presrela grupa “mudžahedina“ i neke je muškarce odvela u smjeru Bikoša. (str. 578. Hadžihasanović i Kubura)
Domaći i strani mudžahedini su 8. juna 1993. otvorili vatru na grupu hrvatskih zarobljenika i ubili najmanje 24 osobe u Malinama/Bikošima. (str. 354–355. Hadžihasanović i Kubura) (str. 70. Delić)
Konstatuje se da su 8. juna 1993. strani i bosanski mudžahedini iz vatrenog oružja teško ranili najmanje pet osoba koje je u to vrijeme nisu učestvovale u neprijateljstvima. (str. 70. Delić)
U vezi sa identifikacijom mudžahedina počinilaca, iz dokaza se jasno ne vidi kojoj su konkretnoj jedinici ili grupi pripadali. (str. 68–69. Delić)
U Mehurićima su postojala dva zatočenička centra – u osnovnoj školi i u kovačkoj radionici. U školi je bilo smješteno oko 250 civila, bosanskih Hrvata, u periodu od 6. do 24. juna 1993., dok je u Kovačnici, u periodu od 6. juna 1993. do 4. jula 1993. bilo zatvoreno 20 do 30 hrvatskih civila i vojnika HVO-a. Prema dijelu zatočenika u Kovačnici je okrutno postupano. (str. 413. i 432. Hadžihasanović i Kubura)
Dvije grupe zarobljenika su u drugoj polovini oktobra 1993. godine odvedene u Orašac, gdje su mudžahedini napravili svoju bazu, a u tom logoru su zatočenici bili izloženi fizičkim i psihičkom nasilju, te iz dokaza proizilazi da su počinioci okrutnog postupanja bili pripadnici odreda “El-Mudžahidin”, kao i da su ubili jednog od zatočenika odsijecanjem glave u blizini baze. (str. 449–452. Hadžihasanović i Kubura)
U podrumu kasarne bivše JNA nalazio se zatočenički centar gdje su na različite periode bili zadržavani vojnici Armije BiH i HVO-a, a tako i civili, te su u ovom objektu zatočenici redovno premlaćivani. (str. 397–404. Hadžihasanović i Kubura)
Prilikom preuzimanjanja kontrole nad selom Čukle i napada Armije BiH, došlo je do uništavanja kuća – 8. juna 1993. (str. 583. Hadžihasanović i Kubura)
Konstatovano je da je u Gučoj Gori u junu 1993. počinjeno višestruko djelo pljačke velikih razmjera, kao i da je samostanu u ovom mjestu nanijeta šteta. (str. 605. i 652. Hadžihasanović i Kubura)
Oštećivanje samostana u Gučoj Gori u junu 1993. počinili su strani mudžahedini, kao i katoličke crkve u Travniku 8. juna 1993. godine. (str. 653. i 656. Hadžihasanović i Kubura)