Kao počinioci zločina u Varešu su označeni pripadnici Hrvatskog vijeća obrane (HVO) i policije Vareša. S druge strane, konstatovano je da su određene zločine počinili i pripadnici Armije BiH prilikom ulaska u Vareš u novembru 1993. godine.
Vojnici HVO-a su od 18. do 23. oktobra 1993. godine uhapsili šest muškaraca Bošnjaka, od kojih su četvorica bili pripadnici Armije BiH, a dvojica nisu pripadali nijednoj formaciji, te ih odveli u zatvor Vojne policije u Varešu, gdje su tučeni tokom zatočenja. (str. 84. Prlić i ostali, tom III)
Snage Armije BiH su 21. oktobra 1993. napale Kopjare, a hrvatsko stanovništvo napustilo j selo. (str. 85. Prlić i ostali, tom III)
Od 38 poginulih, što je posljedica napada HVO-a,* na Stupni Do 23. oktobra 1993., pet ili šest bili su vojnici, a ostalo su bili civili, dok je veliki dio sela u potpunosti uništen. (str. 249. Kordić i Čerkez), (str. 10. Rajić), (str. 116. Prlić i ostali, tom III)
*u presudama se navodi da su napade vodile Specijalne jedinice “Maturice” i “Apostoli,” stacionirane u Kiseljaku, koje su bile direktno u sastavu Brigade “Ban Josip Jelačić”. (str. 81. Prlić i ostali, tom III)
Utvrđeno je da je napad na Stupni Do bio usklađeni napad HVO-a na selo, s namjerom da se ukloni Bošnjačko stanovništvo. Bez obzira na neposredni motiv, radilo se o dijelu ofanzive HVO-a protiv Bošnjačkog stanovništva Srednje Bosne, a posljedica je bio pokolj. Pružen je određen otpor, ali nije bilo opravdanja za napad. (str. 250. Kordić i Čerkez)
Pripadnici HVO-a su primorali tri Bošnjakinje iz Stupnog Dola na spolni odnos i podvrgli ih drugim vrstama seksualnog nasilja. (str. 109. Prlić i ostali)
Jedinice HVO-a, koje su učestvovale u napadu, opljačkale su imovinu mještana, koje su primorali da napuste svoje domove, nakon čega su u Stupnom Dolu zapaljene kuće i štale. (str. 117. Prlić i ostali)
Snagama HVO-a je naređeno da 23. oktobra 1993. pretraže bošnjačke kuće u gradu Varešu, a vojno sposobne muškarce pritvore, što su i učinile, te uhapsile i pritvorile veliki broj muškaraca. (str. 9. Rajić), (str. 91. Prlić i ostali, tom III)
Nakon hapšenja, obični građani Vareša, ali i pripadnici Armije BiH, bili su zatočeni u gimnaziji u ovom gradu u teškim uslovima, gdje su im prouzrokovane teške povrede. (str. 96. Prlić i ostali, tom III)
Dvije Bošnjakinje iz Vareša su pripadnici HVO-a natjerali na spolni odnos. (str. 103. Prlić i ostali, tom III)
Specijalne jedinice “Maturice” i “Apostoli,” prva formirana u aprilu, a druga u junu 1993., stacionirane u Kiseljaku, bile su direktno u sastavu Brigade “Ban Josip Jelačić”. (str. 81. Prlić i ostali, tom III)
Pripadnici HVO-a su muškarce, Bošnjake, zatočene u školi u Varešu od 23. oktobra do 4. novembra 1993. redovno surovo tukli i primoravali na bolne i ponižavajuće tjelesne položaje. (str. 99. Prlić i ostali, tom III)
Neki od zatočenika iz škole u Varešu su, u periodu od 26. oktobra do 4. novembra 1993., pušteni na slobodu, dok su drugi premješteni u zatvor u Vareš-Majdanu ili u zatvor “Dvice“, ili pak u zatvor Vojne policije u Varešu, gdje su ostali zatočeni do 3. novembra 1993. godine. (str. 97. Prlić i ostali, tom III)
Vijeće zaključuje da su muškarci Bošnjaci bili zatočeni u zatvoru u Vareš-Majdanu u periodu od 23. oktobra do 4. novembra 1993. i podvrgavani zlostavljanjima, a osim HVO-a su ih čuvali i pripadnici MUP-a Vareša. (str. 101. Prlić i ostali)
Zgrade u Varešu su u potpunosti ili djelimično oštećene i uništene početkom novembra 1993., kada je Armija BiH krenula u oslobađanje ovog grada. (str. 594. Hadžihasanović i Kubura)
Konstatovano je da su pripadnici HVO-a, prilikom povlačenja iz Vareša, palili zgrade, ali i da su štete na objektima izazvali pripadnici Armije BiH prilikom ulaska u grad 4. novembra 1993., te da su razbijali vrata i prozore isključivo s ciljem da počine pljačku. (str. 595. Hadžihasanović i Kubura)