Jedan od vodećih političara u zajednici bosanskih Hrvata: od 1991. do 1995., predsjednik Hrvatske demokratske zajednice Bosne i Hercegovine; od 1992. do 1995., potpredsjednik i član Predsjedništva Hrvatske Zajednice Herceg Bosne, a kasnije Hrvatske Republike Herceg-Bosne. Kao predsjednik HDZ-BiH, Kordić se zdušno uključio u zajednički plan progona. Planirao je, poticao i naređivao kaznena djela u općinama Travnik, Vitez, Busovaĉa i Kiseljak, u blizini Lašvanske doline u središnjoj Bosni i Hercegovini.